Các chư hầu do Viên Thiệu cầm đầu nổi dậy chống Đổng Trác. Trác thua trận bỏ Lạc Dương, mang Hán Hiến Đế về Trường An. Giả Hủ đi theo. Vào năm 192, Đổng Trác bị Lã Bố giết ở Trường An. Sau đó Ngưu Phụ cũng bị giết.

Giả Hủ khi đó cùng các bộ tướng của Đổng Trác là Lý Thôi (hay Lý Giác), Quách Dĩ, Trương Tế và Phàn Trù đang đóng quân ở ngoài. Lý Thôi xin Vương Doãn tha tội nhưng Vương Doãn không đồng ý. Giả Hủ hiến kế cho Lý Thôi tập hợp quân đội để chiếm Trường An để trả thù cho Đổng Trác.

Theo Tam Quốc chí, khi Trác bại vong, Phụ cũng chết, mọi người rất sợ hãi, bọn Hiệu uý Lý Thôi, Quách Dĩ, Trương Tế muốn giải tán, sắp sửa quay về quê. Ông nói:

"Nghe nói người trong thành Trường An bàn định muốn giết hết người Lương Châu, mà các ông bỏ mọi người ra đi một mình, thì một người đình trưởng cũng có thể bắt được các ông vậy. Chẳng bằng thống lĩnh mọi người ở phương tây, thu nhặt binh sĩ ở đó, vây đánh Trường An, vì Đổng công mà báo hận, may mà nên việc, phụng sự quốc gia để chinh phạt thiên hạ, nếu chẳng xong việc, bỏ chạy cũng chưa muộn vậy." Chúng cho là phải. Thôi bèn ở phía tây đánh Trường An."

Lý Thôi, Quách Dĩ phao tin Vương Doãn muốn giết hết người Tây Lương để kích động mọi người theo mình, tập hợp được lực lượng đông đảo, tiến vào đánh bại Lã Bố và nhanh chóng chiếm được Trường An.

Chính vì lời khuyên này của Giả Hủ mà nhân dân thành Trường An đã phải chịu nhiều tang tóc khi bè đảng của hai người này lộng quyền và lạm sát gây nên những trận "động loạn trong kinh thành".

Sử gia Bùi Tùng Chi đã chỉ trích rất gay gắt Giả Hủ, ông ta cho rằng:

"Chiến loạn tứ phương, quốc gia phân liệt, tai ương xuất hiện liên tục. Bang quốc có nguy cơ bị diệt vong, lê dân chịu muôn điều oan khốc. Há chẳng vì lời nói suông của Giả Hủ chăng? Tội ác của Hủ, không gì to hơn! Những trận động loạn từ xưa đến nay, chưa từng thảm liệt như loạn Đổng Trác vậy!"[4]

Sau khi chiếm được Trường An, Lý Thôi định xét công để phong cho Giả Hủ tước hầu, Tuy nhiên ông từ chối không nhận vì "Cái kế cứu mệnh ấy, có chi đáng kể!". Họ lại phong cho ông làm Thượng thư Bộc xạ, ông cũng từ chối vì tự thấy chưa đủ tiếng tăm. Cuối cùng họ phong Giả Hủ làm Thượng thư, giữ việc tuyển cử, ông nhiều lần giúp đỡ cho họ, "bọn Thôi vừa quý mến mà kiêng sợ".

Nguỵ thư chép: Hủ giữ việc tuyển cử, nhiều lần chọn người trước đây có danh tiếng cho làm lệnh phó, kẻ bàn luận việc ấy đều khen Hủ.

Tuy nhiên sau khi chiếm được Trường An, Lý Thôi và Quách Dĩ lại quay sang đánh nhau, Giả Hủ nhiều lần phải hòa giải cho họ, vì uy tín của ông lớn nên họ đều nghe lời, tạm gác xung đột.

Hiến Đế kỷ chép: Quách Dĩ, Phàn Trù cùng với Thôi lìa bỏ nhau, mấy lần muốn đánh nhau. Hủ liền lấy đạo lý trách cứ, chúng đều nghe lời Hủ.

Lúc mẹ mất Giả Hủ từ quan, được bái làm Quang lộc đại phu. Lúc này Lý Thôi, Quách Dĩ lại đánh nhau ở trong thành Trường An. Lý Thôi lại mời Giả Hủ làm Tuyên Nghĩa tướng quân. Giả Hủ lại một lần nữa hòa giải xung đột giữa hai người.